菌種是指食用菌、工業(yè)菌、農(nóng)用菌菌絲體及其生長(zhǎng)基質(zhì)組成的繁殖材料。菌種是從事微生物學(xué)及生命科學(xué)研究的基本材料，在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中，診斷制品的制備，菌苗的生產(chǎn)、微生物致病性研究，藥物的抑菌試驗(yàn)及藥品微生物檢驗(yàn)等都有一套完整的菌種菌種分為母種（一級(jí)種）、原種（二級(jí)種）和栽培種（三級(jí)種）三級(jí)。
    用于發(fā)酵過程作為活細(xì)胞催化劑的微生物，包括細(xì)菌、放線菌、酵母菌和霉菌四大類。來(lái)源于自然界大量的微生物，從中經(jīng)分離并篩選出有用菌種，再加以改良，貯存待用于生產(chǎn)。
    劣質(zhì)菌種先表現(xiàn)為外觀形態(tài)不正常，如表面皺縮，不平展，不舒展，長(zhǎng)速變慢；氣生菌絲雪花狀、粉狀、凌亂、倒伏，生長(zhǎng)勢(shì)變?nèi)?；有的是氣生菌絲變多、變少或沒有；菌絲不是正常的白色，而是呈現(xiàn)微黃色、淺褐色或其他色澤，或由鮮亮變暗淡；有的分泌色素吐黃水；菌體干縮、色澤暗淡、上下色澤不一致、表面有原基或小菇也是劣種的表現(xiàn)。
    菌種栽培后，你無(wú)法像培育花草那樣用肉眼輕易地辨識(shí)它長(zhǎng)得是否茁壯，那么怎樣快速判斷菌種是優(yōu)質(zhì)還是劣質(zhì)？以下幾點(diǎn)可以讓你辨識(shí)菌種質(zhì)量：
    1、螨害 在我國(guó)南方，菌種的螨害時(shí)常發(fā)生。螨害主要來(lái)自培養(yǎng)場(chǎng)所的不潔，菌種培養(yǎng)期從瓶（袋）口向里鉆，咬食菌絲。有螨危害的菌種在瓶（袋）內(nèi)壁可見到微小的顆粒，小得像粉塵，菌種表面沒有明顯的菌膜，培養(yǎng)料常呈裸露狀態(tài)。肉眼觀察不清時(shí)可以用放大鏡仔細(xì)觀察。
    2、老化 老化菌種的特征是外觀發(fā)干，菌絲干癟，甚至表面出現(xiàn)菌皮，或有粉狀物，菌體干縮，與瓶（袋）分離，還可能有黃水。
    3、污染 污染有兩種情況，一是霉菌污染，而是細(xì)菌污染。霉菌污染比較易于鑒別，污染菌種的霉菌孢子幾乎都是有色的，常見顏色有綠、灰綠、黑、黑褐、灰、灰褐、橘紅等。有時(shí)霉菌污染后又被食用菌菌絲蓋住，這種情況下仔細(xì)觀察可以見到淺黃色的拮抗線。細(xì)菌則較難鑒別。細(xì)菌污染不像霉菌那樣菌落長(zhǎng)在表面，一看便知，而是分散在料內(nèi)。有細(xì)菌污染的菌種外觀不夠白、甚至灰暗，菌絲纖細(xì)、較稀疏，不鮮活，常上下色澤不均一，上暗下白，打開瓶塞菇香味很淡。
    4、長(zhǎng)相和活力 優(yōu)質(zhì)菌種外觀水靈、鮮活、飽滿，菌絲旺盛、整齊、均勻（蜜環(huán)菌除外）這是菌絲細(xì)胞生命力強(qiáng)、有較強(qiáng)生長(zhǎng)勢(shì)的表現(xiàn)，是品種種性優(yōu)良、菌種優(yōu)質(zhì)的重要標(biāo)志。相反，則表明該品種已老化，不宜投入生產(chǎn)使用。